内蒙古自治区教育厅是自治区人民政府组成部门，为正厅级。中共内蒙古自治区教育工作委员会为自治区党委的派出机构，与自治区教育厅合署办公。
内蒙古自治区党委教育工作领导小组秘书组设在自治区教育厅，接受自治区党委教育工作领导小组的直接领导，承担领导小组具体工作，组织研究教育领域党的建设和思想政治建设政策、教育发展战略规划、重大改革方案，协调督促落实领导小组工作部署和要求等。设置自治区党委教育工作领导小组秘书组秘书处，负责处理领导小组秘书组日常事务。自治区教育厅的内设机构根据工作需要承担领导小组秘书组相关工作，接受领导小组秘书组的统筹协调。
自治区教育厅（教育工委）贯彻落实党中央关于教育工作的方针政策和自治区党委相关决策部署，在履行职责过程中坚持和加强党对教育工作的集中统一领导。
